REACCS

Datenbank chemischer Reaktionen von MDL (Molecular Design Ltd.). Vorhandene Datenbanken:

(1) Theil = Theilheimer (60748M, 46818R)

(3) CLF = Current Literature File (41964M, 27154R)

(4) ORGSYN = Organic Syntheses (5274M, 5018R)

REACCS läuft auf dem VAX-Cluster der Kristallographie, eine Benutzererlaubnis ist erforderlich!

Programmstart

Benötigt wird ein Terminal mit Anschlußmöglichkeit an den VAX-Cluster und (sinnvollerweise) Grafikfähigkeit: VAX-Station, PC mit Ethernet-Anschluß und PolyStar-Terminal-Emulator, PC mit PAD- oder Modem-Anschluß und PolyStar oder ChemTalk.

Im Mikrocomputer-Raum über das PAD (486er-ATs): POLYSTAR startet PolyStar, man landet am PAD (ggf. <Return> drücken):

PAD>c .kr<Return> ("blind" eintippen!)

einloggen
Username: ... (ggf. erst als PSIUSER)
Password: ...
(für PSIUSER: mit SET HOST OC1 um-loggen!)
REACCS<Return>
Database number: (1, 3 oder 4; s.o.)
Terminal type: 15B (oder 15A)

Achtung: statt "Mausklick" die <Return>-Taste drücken!

"Exit" verläßt REACCS, LOGOUT beendet die Verbindung zur VAX, F3 Q beendet PolyStar (in dieser Reihenfolge!).

PCs mit Ethernet-Anschluß und PolyStar (gilt nicht für MC-Raum!):

cd (bzw. einschlägiges PolyStar-Verzeichnis)

POLYLOAD

(falls erforderlich:) STAR

einloggen
Username: ...
Password: ...
REACCS<Return>
Database number: (1, 3 oder 4; s.o.)
Terminal type: 15B (oder 15A)

Achtung: statt "Mausklick" die <Return>-Taste drücken!

"Exit" verläßt REACCS, LOGOUT beendet die Verbindung zur VAX, F3 Q beendet PolyStar (in dieser Reihenfolge!).

VaxStation:

VT200-Fenster öffnen,

einloggen
Username: ...
Password: ...

Textfenster sinnvollerweise verkleinern und oben rechts plazieren.

REACCS<Return>
Database number: (1, 3 oder 4; s.o.)
Terminal type: 20

REACCS eröffnet ein zusätzliches Grafik-Fenster.

"Exit" verläßt REACCS, LOGOUT beendet die Sitzung.

REACCS: allgemeine Hinweise

REACCS arbeitet (z.T. wahlweise) im Grafik- und im Textmodus.

Umschaltung von Grafik nach Text: K

Umschaltung von Text nach Grafik: GR<Return>

"Help" bietet Online-Hilfe.

Menüpunkte werden im Grafik-Modus durch "Anklicken" mit der Maus gewählt (Polystar-Emulator: statt dessen RETURN drücken!).

Menüs und globale Optionen:

BUild - Strukturen zeichnen
FOrms - Formular-Editor
MAin - Hauptmenü
(Molekül- oder Reaktionsdateien laden bzw. speichern, Datenbank wechseln)
PLot - "Drucker"-Ausgabe von Reaktionsschemata etc. (über eine Meta-Datei!)
SEArch - Suche von (Sub-)Strukturen, Reaktionen und Daten
VIewl - (View List) Strukturen/Schemata der ggw. Liste anzeigen
SET - (Settings) Anzeige- und Suchoptionen einstellen
HElp - Online-Hilfe
K - Umschaltung auf Tastatur-Eingabe
GRaphics - Umschaltung auf Grafik-Eingabe
* - Bildschirm säubern
? - verfügbare Optionen anzeigen
EXIt - REACCS beenden

Unterbrechungs-Möglichkeiten:

! - "continue" abbrechen
?
Ctrl-V - Suche unterbrechen
@ - "Joker-Zeichen" für beliebigen Text

MAIN Mode

FIND Current - angezeigtes Molekül in Datenbank suchen
FIND Data
FIND Data @ - alle Daten zur aktuellen Struktur/Reaktion anzeigen
FIND Data datentyp - "datentyp"-Daten anzeigen (z.B.: conditions, amount, litref, journal, author)
mit Ausgabe auf Datei: FIND Data datatype /out myfile.dat
FIND Molecule
FIND Molecule ID-Nummer - Molekül Nr. "ID-Nummer" anzeigen
FIND Molecule SYMBOL=acetone - nach Bezeichnung (Namen)
FIND Molecule FORMULA=C3H6O - nach der Summenformel
FIND Reaction
FIND Reaction ID-Nummer - Reaktion Nr. "ID-Nummer" anzeigen
FIND Reaction AUTHOR=Newton - nach Datentyp (Autor; vgl. SEARCH!)
FIND Reaction RSS
REAdfile - liest mol-Datei, rxn-Datei oder temporäre query-Datei (Qn)
Writefile - schreibt mol-Datei oder rxn-Datei
Clear - löscht Bildschirm
DB - wechselt Datenbank
*** - übrige Befehle ändern die Datenbank, NICHT BENUTZEN!

BUILD Mode

Ggf. mit "ClearRxn" vorhandene Reaktion löschen oder einen Buchstaben der Reaktion (oder den Reaktionspfeil) anklicken.

ADDProduct - aktuelle Struktur als Produkt hinzufügen
ADDReactant - aktuelle Struktur als Reaktanden hinzufügen
Clearrxn - Reaktion (aber nicht aktuelles Molekül) löschen
ERasemol - eine Struktur aus der Reaktion löschen (Buchstabe ?)
Findmol - Molekül in Datenbank suchen
HIlightrxn - Untermenü zur Hervorhebung der Transformation
READfile - liest mol-Datei, rxn-Datei oder temporäre query-Datei
REPlacemol - ersetzt Struktur in der Reaktion durch aktuelle
SAVequery - schreibt temporäre query-Datei

Draw-Options

+ - ^ : Ladung bzw. Radikal

Blank : löscht aktuelles Molekül
C,N,O,H,... : Atomsymbol festlegen
Clean : Struktur säubern
Delete : Bindungen und Atome einzeln löschen
Draw : Bindungen zeichnen (Doppelbindungen: zweimal verbinden etc.)
Isotope : Isotop kennzeichnen
Move : Atom verschieben
Query Options : anderes Menü, s.u.
Template : Gruppen anfügen
Up, Down, Either : stereochemische Konfiguration
Valence : außergewöhnliche Valenz definieren

Query-Options

A : irgendein Atom außer Wasserstoff
Any : irgendeine Bindung
Arom : nur aromatische Bindungen
Center : Bindung ist Teil des Reaktionszentrums
Chain : Bindung ist Teil einer Kette
D/A : Doppelbindung oder aromat. Bindung
Draw Options : anderes Menü, s.o.
Exclude (NOT list) : irgendein nicht angegebenes Element
Heteroatoms (list) : nur eins der angegebenen Elemente
Hydrogens : Anzahl der mindestens gebundenen Wasserstoffatome
NotCenter : Bindung ist nicht Teil des Reaktionszentrums
Q : irgendein Atom außer Wasserstoff oder Kohlenstoff
Restore : entfernt Query-Optionen
Ring : Bindung ist Teil eines Rings
S/A : Einfachbindung oder aromat. Bindung
S/D : Einfach- oder Doppelbindung
Stereo : Übereinstimmung mit relativer Stereokonfiguration

Highlightrxn-Menu

Automaps : automat. Zuordnung korrespondierender Atome,
Markierung des Reaktionszentrums
Clearmaps : löscht Zuordnungen und Markierungen
Center : markiert eine reagierende Bindung (RSS),
brechen, bilden, ändern (der Bindungsordnung)
Deletemap : löscht spezifizierte Markierung
Exactchange : fordert exakte Behandlung der Transformation (mapped)
Inversion : Inversion der stereochemischen Konfiguration (mapped)
Markmap : manuelle Zuordnung (vgl. Automaps)
Retention : Retention der stereochemischen Konfiguration (mapped)

Tastatur-Schalter (Zeichnen im Grafik-Modus)

A : Mapping Numbers - Ein- oder Ausblenden des Numerierungsschemas
B : Manual Refresh - automat. Aktualisieren ein- oder ausschalten
C : Continuous Draw - kontinuierliches Zeichnen von Bindungen
D : Display Update - Struktur "säubern"
E : Expand - Struktur vergrößern
F : Free valence - neu festlegen
G : group mode
D : delete group - Gruppe löschen
F : flip group - Gruppe herumklappen (180-Grad-Rotation)
L : larger group - Gruppe vergrößern
R : rotate group - Gruppe drehen
S : smaller group - Gruppe verkleinern
T : translate group - Gruppe verschieben
H : Horizontal - Bindung waagerecht orientieren
I : Isomer - Chiral-Markierung an- oder abschalten
J : Join - Ring an Bindung oder Atom anfügen
L : Label - Wasserstoffe an freien Valenzen anzeigen
O : Origin - Struktur ins Bildschirmzentrum verschieben
R : Reduce - Struktur verkleinern
S : Shift - Struktur verschieben
V : Vertikal - Bindung senkrecht orientieren
+ : Gruppe oder Atom hinzufügen
= : Atom ersetzen

SEARCH Mode

Hinweis: für Grafik-Suche muß entsprechende Struktur bzw. Reaktion auf dem Bildschirm stehen (oder in einer Datei).

Suche abbrechen mit !, unterbrechen mit ? bzw. Ctrl-V.

Als Ausgabe wird eine Liste (Ln) erstellt, die im ViewList-Modus betrachtet werden kann.

Formula -
Suche nach exakter Summenformel (falls H angegeben) oder nach Bestandteil (Formel ohne H; Bereiche wie C(6-8)O(1-3)). Bsp.: C6H6 - nur exakt, also Benzol und Isomere; C6O1 - sonstige Atome beliebig, also u.a. Phenol.
ISomer - Suche nach Stereoisomeren
moldata/rxndata -
Suche nach Molekül- bzw. Reaktionsdaten (grafisch menügesteuert oder über Tastatureingabe; bei Tastatureingabe zeigt "Search: IndexData" eine Datentyp-Liste)
Search: daten-deskriptor relationaler-operator ziel-wert
daten-deskriptor (vollständig bzw. Nummer), Bsp.:
CONDITIONS:TEMP
PRODUCT:BOILING.PT:TEMP
RXN:VARIATION:PRODUCT:GRADE
relationaler-operator: = < > <= >= <>
ziel-wert:
Zahlenwert oder Bereich, z.B. 50-75
Text
Textbruchstück (@ als Joker): @benzene benz@ @benz@
Search: AUTHOR=@Corey@
(Hinweis: punktlose Initialen sind vor- ODER nachgestellt)
RSS -
Reaktions-Substruktursuche; Vorgabe einer Reaktion oder Partialreaktion, das Reaktionszentrum sollte markiert sein (mapping, vgl. Build); gesucht wird nach allen Substrukturen (im Gegensatz zu "Subset").
SImilar - Suche nach ähnlichen Strukturen bzw. Reaktionen
SSS - Molekül-Substruktursuche (vgl. Build)
SUbset - Suche exakt nach angegebenen Reaktanden/Produkten
(im Gegensatz zu RSS, das nach Substrukturen sucht; Query-Optionen hier nicht erlaubt)
TAutomer - Suche nach Tautomeren (Query-Optionen nicht erlaubt)
Ref=List - Festlegung der Such-Domäne,
Ref=0 bzw. m0 bzw. r0 (löscht Suchdomäne, oder DeleteL ref),
Ref=L3 (weitere Suche nur in Liste 3).
DB - wechselt Datenbank (Trefferlisten werden gelöscht!)
DeleteL - (DeleteList) löscht Trefferlisten (Ln) bzw. ref (Such-Domäne)
IndexData - Liste der kompletten Datentyp-Baumnamen
IndexFull - Liste der Datentyp-Namen, Nummern und Spezifikationen
Search: indexfull
daten-deskriptor /out dateiname
IndexKeys - Liste der REACCS-Schlüsselnummern (s.u.)
IndexList - kurze Beschreibung der temporären Listen

Konversions-Suche (grafisch oder über Tastatureingabe)

CurAsAgt (grafisch) : current as agent (= reactant, catalyst, solvent);
nur exakte Moleküle (ohne Query-Optionen)
CurAsPrd (grafisch) : current as product
(nur exakte Moleküle ohne Query-Optionen)
item as target (Tastatureingabe):
item: current, subset, formula, isomer, SSS, tautomer, RSS;
datensuche, dateiname, Ln, Qn.
target: reactant, catalyst, solvent, product, agent
Beispiele:
current as reactant
subset=Q3 as catalyst
formula=[Na]CN as solvent
isomer as product
SSS as agent
tautomer as product
RSS as solvent
YIELD>90 as reactant
myfile.lst as product
L3 as solvent
Q4 as product

Kombinations-Suche: AND OR NOT (MINUS)

Verknüpfung von Suchanweisungen, z.B.:
L1 and L2
Q3 as reactant or RSS=current
L3 not YEAR<1970

Key (Suche nach Schlüsselnummern, vgl. IndexKeys und Manual)

Search: keys= 5,29 (Sauerstoff UND 6-gliedriger Ring)
keys= [5,29] (Sauerstoff ODER 6-gliedriger Ring)
keys= <5,29> NICHT (Sauerstoff oder 6-gliedriger Ring)

VIEWLIST Mode

Hinweis: je nach den Einstellungen mit SET (global options) wird evtl. nicht die ganze Information angezeigt.

All (Tastatureingabe) - sequentielle Anzeige aller Strukturen (hierzu Timer-Option)
First - erster Eintrag
Item - Eintrag Nummer
NExt - nächster Eintrag
PRev - voriger Eintrag
Query - letzte zu suchende Struktur bzw. Reaktion
REGno - Eintrag mit spezifizierter Registriernummer
TAble - Datentabelle (vgl. "Set") der aktuellen Liste
View: table /out filename (Ausgabe auf eine Datei)
DAta - Anzeige der spezifizierten Daten oder aller Daten [@]
NExt VARIATION - Daten der nächsten Variation
OMit - entfernt unerwünschte Einträge aus der Liste
LIst - definiert Liste als aktuelle Liste (zur Anzeige)
DEletelist - löscht Referenz-Liste (ref oder 0) oder temporäre Liste (Ln)
IndexData - Liste der kompletten Datentyp-Baumnamen
IndexFull - Liste der Datentyp-Namen, Nummern und Spezifikationen
IndexList - kurze Beschreibung der temporären Listen

PLOT Mode

Erstellung einer Plot-Metadatei (METnnn.DAT) zur späteren Drucker-Ausgabe.

1. Formatierung und Erscheinungsbild festlegen,

2. Struktur, Reaktion oder Liste wählen,

3. Plot abschicken (Device; Plot); hier nur Device=3 (Meta-File)

Hinweis: Nach Verlassen von REACCS wandelt man Meta-Dateien mittels METPS in PostScript-Dateien um,

METPS MET001.DAT erzeugt QMS001.EPS (ggf. weitere);

die *.EPS-Daten müssen zu einem PostScript-Drucker (QMS) geschafft werden (QMS QMS001.EPS, jedoch Drucker z.Zt. nicht an die VAX angeschlossen!)

Formatierung

LAbels : Wasserstoffatomsymbole ausgeben
NEwpage : erzwungener Seitenvorschub
Numbers : Atome numerieren
1 2 4 : Plots pro Seite
Truncate : Substrukturen abkürzen

Selektion

Current : aktuelle Struktur bzw. Reaktion
FINDMol : Molekül aus Datenbank
(über ID, Symbol oder Formula, vgl. "Main: Find Molecule")
FINDRxn : Reaktion aus Datenbank (vgl. "Main: Find Reaction")
REAdfile : Plot-Ausgabe einer mol-, rxn- oder query-Datei (Qn)
LIst : Plot-Ausgabe der Liste

FORMS Mode

Editieren von Formularen und Tabellen (s. Manual).

SETTINGS (Set)

Abspeicherbar als UPR (User Profiles).

DAtadisplay - an- oder abschalten
FInddata - Datenanzeige im Hauptmenü an- oder abschalten
FOrmfile - Anzeigeformular wählen
MOLExtreg - Default-Datentyp für Molekül-ID
MOLInfo - nicht-grafische Charakterisierung von Molekülen
RXNExtreg - Default-Datentyp für Reaktions-ID
ADdress - Adresse, die auf Plots gedruckt wird
Initials - Initialen (für mol-, rxn- und list-Dateien)
NAme - Name, der auf Plots gedruckt wird
PLotdisplay - Terminal-Anzeige von geplotteten Listeneinträgen
DBaselist - legt Datenbanken für globale Suche fest
Globalsearch - automatische Suche über mehrere Datenbanken
MOLSim - Prozent Ähnlichkeit für Molekül-"Similar"-Suche
RXNSim - Prozent Ähnlichkeit für Reaktions-"Similar"-Suche
STereosearch - stereochemische Suchkriterien
VIewhits - Anzeige während einfacher Suchen
REadupr - lädt ein Benutzerprofil
Writeupr - speichert aktuelle Einstellungen als Benutzerprofil
AAmaps - Atom-Atom-Mapping-Nummern anzeigen
LAbels - Wasserstoffatome und freie Valenzen anzeigen
NUmbers - alle Atome numerieren
RXNCenter - monochrome Bildschirme: Buchstabenmarkierung von Reaktionszentren
TRuncate - gängige Substrukturen durch Abkürzungen ersetzen
ERrorfile - Fehlermeldungen in Datei schreiben
SCroll - Anzahl der Zeilen in rollendem Fenster

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Burkhard Kirste