Cambridge Structural Database (CSD) Einführung

Inhalt: Über 380000 Kristallstrukturen organischer und organometallischer Verbindungen.

Informationen im WWW:

Programmstart (im ChemNet):

Das Datenbankprogramm conquest (cq) läuft hier auf der SGI-Workstation "pauling" (Lizenz!).

An einer SGI-Workstation einloggen, dann "ssh pauling"; oder an einem Windows-PC via X-Terminal (X-Win32) mit "Pauling" verbinden.

Notwendige Vorbereitung (Setzen von Suchpfad und Umgebungsvariablen):

source /software/csdsystem/csdsetup
conquest

Übungen

1. Datenbank einsehen ("browse"): "View Databases". Zuächst wird das "Diagram" (2D-Struktur) gezeigt; von Interesse sind auch "Author/Journal" (bibliographische Informationen), "Crystal" (Kristalldaten: Raumgruppe, Abmessungen), "Experimental" (u.a. R-Faktor, ein Fehlermaß, sollte bei guten Strukturen kleiner als 5 % sein), "3D Visualizer".

2. Suche nach Autoren (Bsp.): "Build Queries", "Author/Journal". Eintragen: "Reissig" (exact surname) bzw. H.-U.Reissig. "Search", ggf. Options wählen (z.B. R-Factor), "Start Search".

3. Suche nach Verbindungsnamen (Bsp.): "Build Queries", "Names/Class". Eintragen: "meisenheimer" (nicht "exact"!), "Add", "Search", R-Faktor nicht beschränken, "Start Search". 2 Treffer.

4. Suche nach Strukturen - Templates (Bsp.): "Build Queries", "Draw". "Templates...", "View..." (oder auch List), Porphyrin auswählen."Search", "Start Search".

5. Suche nach Strukturen - Zeichenbeispiel: "Build Queries", "Draw". Aufgabe: 1,3,5-Trinitrobenzol. Benzolring holen, dann "N" wählen, C-Atom anklicken und ziehen, Prozedur wiederholen; dann Doppelbindung (!) und "O" wählen, N-Atom anklicken und ziehen etc. "Search", "Start Search".

6. Export von Molekülkoordinaten: besonders nützlich sind die Formate MOL2 (Tripos Sybyl) und PDB (Protein Database). Über Menü "File", "Eport Entries as..."


Burkhard Kirste 2006-12-19