ChemBase

Start: chembase<Enter>

Zweck: chemisches Datenbankprogramm (unter MS-DOS) zum Verwalten von Molekülen (Strukturen, Daten) und Reaktionen.

einige Möglichkeiten:

Hinweise zur Bedienung

on-line-Hilfe: Taste F1.

Beim Start erscheint das Hauptmenü (ChemBase Main Menu): oben die (zweiteilige!) Menüleiste, in der Mitte das Standard-Formblatt, unten die Statuszeile. Menü-Optionen werden durch Anklicken mit der Maus gewählt.

Programm beenden: "Exit DOS" anwählen.

Retrieve ID all => die gesamte Liste wird hereingeholt. Das erste Molekül (Alanin) wird auf dem Formblatt angezeigt (ID, Datum, Strukturformel, Name, Summenformel, Molmasse, Schmelzpunkt, Siedepunkt, andere Namen).

Nächstes Molekül mit Cursor-Taste Pfeil-nach-unten (vorhergehendes mit Pfeil-nach-oben) anzeigen.

View Table => zeigt die Tabelle an; das aktuelle Molekül wird durch einen Leuchtbalken hervorgehoben. Weiterblättern durch Drücken der Taste Bild-nach-unten (zurück mit Bild-nach-oben, ans Ende mit Strg-Ende).

Durch Anklicken mit der Maus kann ein anderes Molekül ausgewählt und mit "View Form" angezeigt werden.

Clear List, Clear Entry => Liste und aktuellen Eintrag löschen.

Editoren in ChemBase ("Edit"):

Strukturformeln zeichnen

Edit Molecule => Molekül-Editor

Hinweis: vordefinierte Strukturelemente (Ringe, Polycyclen, Ketten, funktionelle Gruppen) lassen sich aus der Bibliothek "Template' abrufen.

Prinzip: erst wird das Bindungsgerüst gezeichnet, z.B. mit "Draw Continuous" (jeder Mausklick setzt eine Atomposition, die Atome sind der Reihe nach miteinander verbunden; bei "Draw Normal" müssen Start und Ziel angeklickt werden, zwischendurch Maustaste loslassen); als Voreinstellung werden C-Atome angenommen, die Auffüllung mit Wasserstoffatomen erfolgt automatisch. Abbruch mit ESC. Andere Atomsorten oder Bindungsarten werden anschließend eingetragen.

Doppelbindungen (bzw. Dreifachbindungen u.a.): "Bond Double" wählen, auf die betreffende Bindung zeigen; die verknüpften Atome werden hervorgehoben; Bindung anklicken.

Heteroatome mit "Atom" wählen, betreffende Position anklicken; ggf. das Periodensystem mit "Atom Other" anwählen.

Nachträgliches Verschieben mit "Move Atom" bei niedergedrückter Maustaste möglich.

Gruppen: funktionelle Gruppen sind erst vollständig einzugeben; anschließend können sie mit "Group Abbreviate" abgekürzt werden.

Clean All => bringt die Strukturformel in eine saubere Form (aber Vorsicht bei Cyclohexan-Sesseln u.ä.!).

Done => beendet die Editor-Sitzung, übernimmt das Molekül. Summenformel und Molmasse werden automatisch berechnet.

Template: Strukturelemente können aus der Bibliothek abgerufen werden; die Verknüpfung erfolgt entweder durch Verbinden zweier Atome oder durch Verschmelzen zweier Bindungen.

Rotate Bond H => bringt Bindung in horizontale Lage (V: vertikal).

Draw Rubberband: beim Hinzufügen einer Bindung bleibt die Maustaste gedrückt.

Reaktionsgleichung erstellen

aus dem Molekül-Editor (Edit Molecule); "Clear Reaction", "Reaction Reactant" (A -> erscheint), Molekül editieren, "Reaction Intermediate" (A -> B -> erscheint), Molekül editieren, "Reaction Produkt" (A -> B -> C erscheint).

Reaktionsgleichung editieren

"Edit Reaction" bzw. "Reaction Edit" (aus dem Moleküleditor).

"Move": mit niedergedrückter Maustaste können Objekte verschoben werden.

Done => zurück ins Hauptmenü; jetzt wird das Reaktionsformblatt angezeigt.

Substruktursuche

Substruktur im Moleküleditor erstellen. Done. (Falls gewünscht, können mit "Query Atom"/"Query Bond" bestimmte Gruppen von Atomen bzw. Bindungen gefordert bzw. ausgeschlossen werden.)

"Search SSS/RSS" (substructure search/reaction substructure search) wählen. Bei "View Molecule" erfolgt "SSS", bei "View Reaction" "RSS". Auch Suche nach "Atom Value" (s.u.).

"Search TSS" = "Transform Substructure Search" => sucht nach einer Umwandlung (z.B. Keto -> sek. Alkohol)

Summenformel-Suche (Search Formula)

C6 H6 - alle Moleküle mit exakt 6C und 6H (z.B. Benzol, Phenol)

C6 Br0 - alle Moleküle mit exakt 6C, ohne Br

C(6-8) - Bereich: 6..8 C-Atome

Datensuche (Search Data)

<field name><num. op.><number>

<field name> : "string"

<num. op.> : = < > <> <= >=

logische Verknüpfungen: AND OR NOT

<field name> (Tutorial) : CRC Number, Name, Alternate Names, Description, Melting Point, Boiling Point, Density, Entry Date

<field name> (Field keywords): *mol.weight, *stext

*stext : search string (text descriptor, atom alias, group abbreviation in Strukturformel)

Beispiele:

boiling point < 65

melt >10 and melt <40

*mol.weight > 500

(yield > 50) and (yield < 80)

name = benz (sucht nach "benz" am Namensanfang!)

name : benzene

name : "furan" and not name : "methyl"

Hauptmenü

Clear - Entry, Structure, Text, List, Domain
Retrieve - ID, Formula, Current, Query
Search - SSS/RSS, TSS, Formula, Data, Continue
Edit - Molecule, Reaction, Form, Table, Text
Update - New Entry, Change, Delete
View - Form, Table, Molecule, Reaction
Exit - ChemTalk, ChemText, DOS
Use - Mol/Rxnfile, Form, Table, List, Data File, SDfile, RDfile, Database
Save - Mol/Rxnfile, Form, Table, List, Data File, SDfile, RDfile
List - Set Domain, Merge, Intersect, Subtract, Switch,
Sort Ascending, Sort Descending
Database - Create, Modify, Index
Print - Entry, List, DB Index
Settings

weitere Hinweise

max. Datenbankgröße: 8 MB (Datenbank stets auf der Platte; zum Vergleich: Tutorial mit 100 Molekülen plus 100 Reaktionen hat 90 kB)

SDfile: MACCS-II Format (ASCII) *.SDF

RDfile: REACCS Format (ASCII) *.RDF

Set Domain: Begrenzt den Datensatzbereich für weitere Suchoperationen (zurücksetzen mit "Clear Domain").

C-13-NMR-Daten etc.: Werte lassen sich in "Edit Molecule" über "Atom Value" eintragen (sie erscheinen als Index <...>); Suche danach (auch von Bereichen) ist möglich, indem in "Edit Molecule" ein Atom erzeugt und mit dem Wert (bzw. Bereich) versehen wird.

wichtige Tasten

Esc - Abbruch (auch bei Search)
F1 - Help
F2 - Clipboard
F5 - Function Keys/Status
F6 - aktueller Reaktionstyp (z.B. A -> B)
F7 - Atom (Edit Molecule)
F8 - Scroll
F9 - Switch (Display Settings)
F10 - Redraw

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Burkhard Kirste