koord

Programmname:
koord
Kurzbeschreibung:
Koordinaten-Transformationsprogramm
Version:
2.23
Voraussetzungen:
-
Aufruf:
koord
Information:
s.u., online
Beispiele, Bibliothek:
-
Demo, Tutorial:
-
Lokation:
/usr/local/bin/koord
Ansprechpartner:
Burkhard Kirste [kirste]
Bemerkungen:
-
Installationshinweise
Zusatzinformationen:

                 KOORD: Koordinaten-Formate

Autor: B. Kirste
Zweck: Umwandlung verschiedener Formate von Molekuelkoordinaten
Aufruf: "koord" (interaktiv) oder mit Parametern (Optionen: koord -h)
        Online-Hilfe

usage: koord in_file in_type out_type [out_file] [offset]
WARNING: 'in_file' is overwritten if 'out_file' not given!
   or interactive mode: koord

Eingabeformate fuer Atomkoordinaten:

M:	Molekuel (KOO)
L:	Liste (LST)
Z:      mopac Z-matrix
R:	z-matRix (Z)
S:	moses-DAT
O:	moses zmatrix
X:	X-Ray fraktionelle Koordinaten (nur Eingabe)
C:	CSSR Kristallstrukturdaten (XR) (nur Eingabe)
H:	Schakal (SCK)
P:	Pz-Orbital-Liste (PZL)
Y:	crystal (CRY) (nur Eingabe, fuer Alchemy)
A:	Alchemy
D:      MDL (MOL; MACCS, CPSS ChemBase)
E:      C-Design extern (nur Ausgabe)
I:      INDO/SP (nur Ausgabe)
F:      Chemograph (neu)

M:	Molekuel (KOO)
	1. Zeile "Molekuele 3D 2.10/1987",
	2. Zeile "Koordinaten",
	3. Zeile Kommentar,
	4. Zeile Atomanzahl,
	5. Zeile ( 9., 13.,...) Atomsymbol,
	6. Zeile (10., 14.,...) x-Koordinate,
	7. Zeile (11., 15.,...) y-Koordinate,
	8. Zeile (12., 16.,...) z-Koordinate

Molekuele 3D 2.10/1987
Koordinaten
Cyclohexan MNDO
18
C
0.000000
0.000000
0.000000
...

L:	Liste (LST)
	1. Zeile Kommentar,
	2. Zeile Atomanzahl,
	3. Zeile ff.: Lfd.Nr. Atomsymbol x y z

p-Benzosemichinon
12
  1 C     -0.7880   -1.2437    0.0000
  ...

Z:      mopac Z-matrix
        1. Zeile: Schluesselwoerter
        2. Zeile: Kommentar
        3. Zeile: Kommentar
	4. Zeile ff.: Ordnungszahl r * phi * theta * B C D
		(*: 0 oder 1, 1=optimieren;
                neues Atom A, Sequenz A-B-C-D, theta im Korkenziehersinn)
        Leerzeile
        ggf. Symmetriebeziehungen
        Leerzeile

         SYMMETRY
  Formaldehyde, for Demonstration Purposes

   O
   C    1.20  1                         1
   H    1.10  1  120.00  1              2  1
   H    1.10  0  120.00  0  180.00  0   2  1  3

   3,   1,   4,
   3,   2,   4,


R:	z-matRix (Z)
	1. Zeile "Molekuelkoordinaten im Z-Format",
	2. Zeile Kommentar,
	3. Zeile Atomanzahl,
	4. Zeile ff.: Lfd.Nr. Atomsymbol B C D r phi theta
		(neues Atom A, Sequenz A-B-C-D, theta im Korkenziehersinn)

Molekuelkoordinaten im Z-Format
p-Benzosemichinon
12
    1 C      0    0    0    0.0000    0.0000    0.0000
    2 C      1    0    0    1.4703    0.0000    0.0000
    3 C      2    1    0    1.3727  122.3630    0.0000
    4 C      3    2    1    1.4710  122.1971    0.0000
    ...

S:	moses-DAT
	1. Zeile ff.: Ordnungszahl x y z  1. 0. 0.  0. 1. 0.  0. 0. 1.

  6      .00000     .00000     .00000    1. 0. 0.  0. 1. 0.  0. 0. 1.
  6     1.47032     .00000     .00000    1. 0. 0.  0. 1. 0.  0. 0. 1.
  6     2.20508    1.15945     .00000    1. 0. 0.  0. 1. 0.  0. 0. 1.
  ...

O:	moses zmatrix
	1. Zeile ff.: Ordnungszahl lfd.Nr. Nr. r 0 phi 0 theta 0 B C D
		(neues Atom A, Sequenz A-B-C-D, theta im Korkenziehersinn)

 6   1   1      0.00000  0      0.00000  0      0.00000  0      0   0   0
 6   2   2      1.47032  0      0.00000  0      0.00000  0      1   0   0
 6   3   3      1.37266  0    122.36302  0      0.00000  0      2   1   0
 6   4   4      1.47100  0    122.19710  0      0.00000  0      3   2   1
 ...

X:	X-Ray fraktionelle Koordinaten (nur Eingabe)
	1. Zeile Kommentar,
	2. Zeile: a b c,
	3. Zeile: alpha beta gamma,
	4. Zeile ff.: Atomsymbol xfr yfr zfr

C:	CSSR Kristallstrukturdaten (XR) (nur Eingabe)

 REFERENCE STRUCTURE =  3620   A,B,C =  15.105  20.729  12.721
   ALPHA,BETA,GAMMA =  90.000 112.050  90.000    SPGR = 14 P21/C   
  97   0 CODEN=BZOEPR10 SYMOPS=50042
  40     RFAC= 4.7 ERRFLAG=0 (C-C)ESD=0
   1 C1      1.74900   0.48980   0.33090    2  20  21
   2 C2      1.84590   0.46580   0.36750    1   3  34
   3 C3      1.85010   0.41410   0.43700    2   4  36
   ...

H:	Schakal (SCK)
	1. Zeile: CELL a b c alpha beta gamma,
	2. Zeile ff.: AT AtomsymbolNr. xfr yfr zfr,
	n. Zeile: END

CELL  15.105  20.729  12.721  90.000 112.050  90.000
AT C1       1.74900   0.48980   0.33090
AT C2       1.84590   0.46580   0.36750
AT C3       1.85010   0.41410   0.43700
...
END

P:	Pz-Orbital-Liste (PZL)
	1. Zeile Kommentar,
	2. Zeile Atomanzahl,
	3. Zeile ff.: Lfd.Nr. Atomsymbol x y z px py pz
		(px, py, pz definieren die p_z-Richtung als Einheitsvektor)

p-Benzosemichinon
12
  1 C     -0.7880   -1.2437    0.0000    0.0000    0.0000    1.0000
  2 C      0.6823   -1.2437    0.0000    0.0000    0.0000   -1.0000
  ...

Y:	crystal (CRY) (nur Eingabe, fuer Alchemy)
	1. Zeile: a b c alpha beta gamma,
	2. Zeile ff.: spez.Atomsymbol xfr yfr zfr

12.312   4.959  15.876  90.000  99.070  90.000
O2     0.1718  1.3673  0.1780
O2     0.2465  1.1667  0.4438
O2     0.5654  0.8937  0.3705
...

A:	Alchemy

   21 ATOMS,    21 BONDS,     0 CHARGES, ASPIRIN
    1 CAR    -2.1016  -1.1628  -0.4897    -0.0592
    2 CAR    -1.5789  -2.3192   0.0985    -0.0608
    ...
    6     6     1  AROMATIC
    7     7     4  SINGLE
    8     8     7  DOUBLE

D:      MDL (MOL; MACCS, CPSS ChemBase)
        1. Zeile: Molekuelname
        2. Zeile: Header
        3. Zeile: Kommentar
        4. Zeile: NA NB (I3I3 Atomanzahl Bindungsanzahl)
        5. Zeile ff.: x y z Atomsymbol
        (5+NA). Zeile ff.: AtomA AtomB Bindungsordnung

 13852 MHXBEN   1-METHYL-4-HEXYLBENZENE (AT LIQUID NITROGEN TEMP)
BKMACCS-II07169112313D 1     0.00333     0.00000

 33 33  0  0  0  0              0
   -1.7308    0.2328   -4.1182 C   0  0  0  0  0
   -2.0591    0.7619   -2.8807 C   0  0  0  0  0
   -1.3102    0.5107   -1.7554 C   0  0  0  0  0
   ...
  1  2  4  0  0  0
  1  6  4  0  0  0
  1 13  1  0  0  0

Eingabeformate fuer Bindungen:

M:	Molekuel (BIN)
S:	moses BONDMAT

M:	Molekuel (BIN)
	1. Zeile "Molekuele 3D 2.10/1987",
	2. Zeile "Bindungen",
	3. Zeile: Bindungsanzahl,
	4. Zeile (6., 8., ...) Atom A,
	5. Zeile (7., 9., ...) Atom B

Molekuele 3D 2.10/1987
Bindungen
12
1
2
1
6
...

S:	moses BONDMAT
	1. Zeile ff.: ATOM lfd.Nr. OZ (Ord.zahl) BONDMAT Koord.zahl : A B C D

 ATOM   1 OZ ( 6) BONDMAT  3 :    2   6   7   0
 ATOM   2 OZ ( 6) BONDMAT  3 :    1   3   9   0
 ATOM   3 OZ ( 6) BONDMAT  3 :    2   4  10   0
 ...
____________________

Burkhard Kirste, 1993/06/07