isis_draw, mdldraw

Programmname:
isis_draw mdldraw ISIS/Draw
Kurzbeschreibung:
chem. Strukturformeln, 2D-Struktureditor
Version:
1.1
Voraussetzungen:
- z.Zt. nur unter IRIX-5.3 lauffähig (COFF Binaries) -
X11 (Achtung: "DISPLAY=:0" führt zu Problemen; Ausweg an der Workstation: setenv DISPLAY localhost:0)
Die Konfigurationsdatei isisdraw.cfg (Pfade für templates: /software/isis/isis11/draw/templates/ und Help-File: /software/isis/isis11/draw/help/isisdraw.hlp) kann über den Menüpunkt Options Configure (oder nach Anklicken von "Help") erzeugt werden.
einfacher: Muster-Konfigurationsdateien in das Arbeitsverzeichnis kopieren:
/software/isis/isisdraw.cfg
/software/isis/tpl.cfg
Aufruf:
isis_draw
Information:
Manual, Online-Hilfe
Beispiele, Bibliothek:
/software/isis/isis11/draw
/software/isis/isis11/draw/templates/*.skc
Lokation:
/software/isis/isis11
Zusatzinformationen:
MDL Information Systems, Inc. (USA)

fehlerhafte PostScript/EPS-Ausgabe:
< /mdl_xdev 72 0 dtransform pop def
< /mdl_ydev 0 72 dtransform exch pop def
> /mdl_xdev 72 1 dtransform pop def
> /mdl_ydev 1 72 dtransform exch pop def

ISIS/Draw (1.01)

Kurzanleitung für die PC-Version (31.03.93 BKi)

ISIS/Draw (MDL) ist ein unter MS Windows (bzw. OSF/Motif oder Macintosh) laufendes Programm zum Zeichnen chemischer Formeln (Strukturformeln, Reaktionsschemata sowie Präsentationsgraphiken). Im Gegensatz zu anderen Programmen dieser Art achtet ISIS/Draw auf die korrekte Chemie. Die Dateien im MDL-Format (Molfile) sind kompatibel mit denen von ChemBase, ChemText und REACCS. Sie können auch für Datenbank-Recherchen verwendet werden. Menü- und Hilfe-Texte sowie Dokumentation sind englisch.

Programmstart

Unter MS Windows (Gruppe ISIS oder Chemie):
Doppelklick auf das Symbol ISIS/Draw.

Online-Hilfe (englisch):
Anwählen des Menüs Help Index bzw. Table of Contents oder Drücken der Funktionstaste F1.

Dokumentation (englisch):
Zum Lieferumfang gehören die Manuals Quick Reference, Tutorial und Reference.

Einführung/Tutorial

Maus:
Alle zwei oder drei Maustasten haben die gleiche Wirkung. Zu unterscheiden ist zwischen Anklicken, Doppelklicken, Shift-Klicken (bei gleichzeitig gedrückter Shift-Taste) und Ziehen (mit gedrückter Maustaste).

Molecule/Sketch:
Zum Zeichnen von Strukturformeln soll der Punkt Molecule in der Menüzeile des Zeichenfensters aktiviert sein.

Templates (Schablonen):
Es gibt zwei Arten von Schablonen: solche auf der "Molecule"-Menüleiste (template tools) und solche auf Schablonentafeln (template pages), die über das Menü Templates abgerufen werden können. Um ein Objekt in die Zeichenfläche zu übertragen, klickt man erst das Objekt an, dann die Zeichenfläche. Falls dort schon eine Teilstruktur vorhanden ist, muß man darauf achten, ob eine neue Bindung zwischen zwei Atomen (A) geknüpft werden soll oder ob Bindungen (B) verschmolzen werden sollen.

Strukturformel (Beispiel):
Anklicken des Benzolrings in der Menüzeile, dann in die Mitte der Zeichenfläche klicken. Die Benzolformel erscheint selektiert, erkennbar an den schwarzen Punkten auf den Atompositionen und Bindungszentren. Steuert man nun eine Bindung an (erkennbar am Auftauchen eines B) und klickt darauf, so werden zwei Benzolringe zu Naphthalin verschmolzen. Steuert man ein Atom an (erkennbar am Auftauchen eines A) und klickt darauf, so wird eine Bindung unter Bildung von Phenylnaphthalin geknüpft. Jetzt holt man sich eine Carboxylgruppe aus dem Menü Templates Fx Groups, klickt auf der Tafel das C-Atom der Carboxylgruppe an und anschließend ein C-Atom in der Naphthalinformel auf der Zeichenfläche.

Undo (Rückgängig):
Das letzte Kommando kann über das Menü Edit Undo (Alt-BkSpc) rückgängig gemacht werden.

Selektieren (Markieren):
Anklicken des Select-Symbols oben links (Zeiger), dann Anklicken eines Atoms oder einer Bindung. Das selektierte Objekt ist durch einen schwarzen Punkt (bzw. durch inverse Darstellung) kenntlich gemacht. Mehrere Objekte lassen sich dadurch selektieren, daß man die Shift-Taste gedrückt hält, während man ein weiteres Objekt anklickt. Alternativ kann man einen Ausschnitt dadurch selektieren, daß man ein Rechteck darüber aufzieht (bei aktiviertem Zeiger-Symbol mit gedrückter Maustaste); hierbei hat das gleichzeitige Drücken der Shift-Taste dieselbe Funktion wie beim Anklicken. Ein Molekül läßt sich durch einen Doppelklick darauf selektieren, sämtliche Objekte über das Menü Edit Select All.

Löschen von Objekten:
Entweder die Objekte selektieren und dann das Menü Edit Cut (Shift-Entf) wählen oder das Radiergummi-Symbol aktivieren und die zu löschenden Objekte anklicken.

Bindungen zeichnen und editieren:
Anklicken des Bindungssymbols (z.B. C-C), dann auf ein vorhandenes Atom (bzw. die leere Zeichenfläche) klicken. Läßt man die Maustaste sofort los, so wird eine Standardbindung gezeichnet; sollte die Bindungsrichtung nicht stimmen, so ist die Bindung zu löschen und nochmals anzufügen. Oder man hält die Maustaste gedrückt, bewegt den Mauszeiger zum Zielpunkt und läßt dann die Maustaste los.

Atome editieren:
Doppelklick auf das Atom ausüben und die Dialogbox ausfüllen. Oder Gruppen von Atomen selektieren und das Menü Style Atom wählen.

Speichern einer Zeichnung:
über das Menü File Save (As). (Die chemische Information bleibt erhalten.)

Export im Molfile-Format:
ein Molekül selektieren, Menü File Export Molfile.

Verschieben, Größenänderung:
Bei aktiviertem Zeiger-Symbol lassen sich die selektierten Objekte (ggf. das gesamte Molekül) durch Ziehen mit der Maus verschieben. Zur Bearbeitung ganzer Moleküle ist es sinnvoller, das Komponenten-Symbol (Zeiger in Quadrat mit 8 Ziehpunkten) zu aktivieren und dann das Molekül anzuklicken. Das selektierte Molekül kann nun verschoben oder in seiner Größe verändert werden.

Reaktionsschemata zeichnen:
Hierzu benötigt man die Strukturformeln der beteiligten Moleküle, die man ad hoc zeichnen, über File Insert hinzuladen (anschließend mit gedrückter Maustaste verschieben) oder mit Hilfe von Edit Duplicate konstruieren kann. Wenn alle Moleküle vorhanden sind, aktiviert man das Komponenten-Symbol und klickt dann alle Moleküle in der richtigen Reihenfolge an; ab Komponente B muß man dabei gleichzeitig die Shift-Taste drücken. Dann wählt man den Menüpunkt Chem Reaction und klickt an die Stelle, an die der Reaktionspfeil gehört. Anschließend können einzelne Komponenten mit Hilfe des Komponenten-Symbols selektiert und verschoben werden. (Die Definition eines Reaktionsschemas ist eigentlich nur für Datenbankrecherchen wichtig.)

Reaktionsschemata speichern:
Reaktionsschemata können im ISIS/Draw-eigenen Sketch-Format gespeichert (Menü File Save (As)) oder nach Selektieren wahlweise im CPSS- oder REACCS-RXN- Format exportiert werden (Menü File Export CPSS Rxnfile bzw. REACCS Rxnfile).

3D:
Es gibt auch eine 3D-Option. Insbesondere kann man 3D-Molfiles importieren und rotieren (Menü Chem 3D 3D Rotate); das Rotationssymbol ändert dann sein Aussehen und seine Funktionsweise.

Präsentationsgraphik:
Zunächst sollte man darauf achten, daß sinnvolle Strichstärken (z.B. Strichstärke 2 im Menü Style Pen Width), Schriftarten (z.B. Helvetica für Atomsymbole) und Schriftgrößen (z.B. 12 Punkt, Menü Style Size) verwendet werden. Weitere Texte und Ornamente (Pfeile, Linien, Rahmen) können im Sketch-Modus hinzugefügt werden. Ggf. läßt sich ein Lineal einblenden. Schließlich sollen die Objekte angemessen auf der Seite angeordnet werden. Zu diesem Zweck kann man die Ganzseiten-Ansicht einschalten (Options Zoom 25%) und die Objekte nach dem Selektieren entsprechend verschieben.

Import/Export von Graphik (MS-Windows):
über die Zwischenablage (Clipboard). Zur Übertragung der Graphiken zwischen verschiedenen Computertypen können TGF-Dateien dienen (Transferable Graphics Format).

Einbinden der Graphik in Word für Windows (MS Windows):
Alles selektieren, in die Zwischenablage kopieren (Menü Edit Copy bzw. Strg-Einfg), dann in WinWord Bearbeiten Einfügen bzw. Strg-V (Shift-Einfg). Achtung: Bei dieser Aktion wird die Grafik um den Faktor 2 verkleinert! In WinWord sollte man daher die Graphik markieren und über das Menü Format Grafik Höhe und Breite auf 200% skalieren. In ISIS/Draw sollte man die 2. Strichstärke wählen (Menü Style Pen Width), da die 1. Strichstärke sehr feine Linien gibt (am Bildschirm nicht unterscheidbar). Als Schriftart für die Atomsymbole kann man z.B. Helvetica in der Größe 12 Punkt wählen. Nachbearbeitung mit MS Draw ist zwar möglich, aber kaum empfehlenswert.

Menüs

File:
New, Open, Insert, Close, Save, Save As, Import (Molfile, Rxnfile, TGFfile), Export (Molfile, CPSS Rxnfile, REACCS Rxnfile, TGFfile), Page Setup, Print, Exit
Edit:
Undo, Cut, Copy, Paste, Clear, Select All, Select Chem Group, Duplicate
Options:
Zoom, Show/Snap Grid, Show Ruler, Snap To Ruler, Snap To Object, Grid Settings, Ruler Settings, Preferences, Configure
Object:
Bring To Front, Send To Back, Align, Flip (Horizontal, Vertical, Chem Group), Rotate (Bond H, Bond V), Scale (Std Bond, Fit Screen, Percent), Group, Ungroup, Lock, Unlock, Crop, Reshape, Smooth, Unsmooth, Snap To Grid
Style:
Atom, Bond, Font, Size, Opaque, Fill Pattern, Fill Color, Pen Width, Pen Color, Line, Arrow, Text Align, Revert To Default
Templates:
File, Rings, Polycyclics, Chains, Fx Groups
Chem:
Reaction, R-Query, 3D, Superatom, Chiral Flag, Hydrogens, Numbers, Link Node, Group Mols, Ungroup Mols, Layout, Renumber
Window:
Tile, Cascade, Arrange Icons, Close All, List of Windows
Help:
Index, Table of Contents, Last Topic, About


Burkhard Kirste, 1995-04-03, 1997-04-18