isis_base

Programmname:
isis_base ISIS/Base
Kurzbeschreibung:
chemisches Datenbanksystem mit Strukturformeln und Reaktionsschemata
Version:
1.2
Voraussetzungen:
- z.Zt. nur unter IRIX-5.3 lauffähig (COFF Binaries) -
X11
Aufruf:
isis_base [database.db]&
Information:
gedrucktes Manual, Online-Hilfe
Pfad für die Online-Hilfe:
/software/mdl/isis12/base/help/isisbase.hlp
(Leider merkt sich das Programm diesen Pfad nicht!)
Beispiele, Bibliothek:
/software/mdl/isis12/base/sample/
Demo, Tutorial: (Demo-Datenbanken)
/software/mdl/isis12/base/sample/localmx.db (Moleküle)
/software/mdl/isis12/base/sample/localrx.db (Reaktionen)
Lokation:
/software/mdl/isis12/base/
Ansprechpartner:
Burkhard Kirste [kirste]
Bemerkungen:
Das Programm gehört zum Paket ISIS/Desktop und arbeitet eng mit isis_draw zusammen. Beispielsweise wird isis_draw automatisch beim Doppelklick auf eine Strukturformel gestartet. Datenübertragung ist auch über das Clipboard (Copy, Paste) möglich.
Zusatzinformationen:
Tip: Um den Inhalt einer Datenbank anzuzeigen, wähle man im "Query"-Modus den Menüpunkt "Search, Retrieve All" an.

ISIS/Base (1.2) Tutorial

Einführung und Programmstart

Zweck: Chemisches Datenbankprogramm zum Verwalten von Molekülen (Strukturen, Daten) und Reaktionen (Nachfolger von ChemBase). ISIS/Base arbeitet eng mit dem Struktureditor ISIS/Draw zusammen. ISIS/Base wird (von MDL) z.Zt. für MS Windows, Apple Macintosh und SGI IRIX angeboten; im folgenden wird die IRIX-Version beschrieben (ChemNet).

Programmstart: isis_base &
Konfigurationsdateien: Sofern noch nicht vorhanden, wird die Datei isisbase.cfg angelegt. Von Bedeutung sind auch die Konfigurationsdateien von ISIS/Draw, nämlich isisdraw.cfg und tpl.cfg. Es empfiehlt sich, vor dem Start von ISIS/Base bzw. ISIS/Draw hierfür ein eigenes Unterverzeichnis anzulegen.

Online-Hilfe: Trotz Vorhandensein einer Konfigurationsdatei muß leider der Pfad nach jedem Neustart von ISIS/Base neu eingegeben werden: Menü Help, Table of Contents (oder F1); "Find Directory for:"

/software/mdl/isis12/base/help/, Filter, OK.

Beispiel-Datenbanken: finden sich unter

/software/mdl/isis12/base/sample/

Bsp. (Molekül-Datenbank): Menü File, Open Database ... (oder Ctrl-O), Filter

/software/mdl/isis12/base/sample/*.db, Filter,
Files: localmx.db, OK.

Das Programm befindet sich jetzt im "Query"-Modus, angezeigt wird zunächst kein Inhalt. Um die gesamte Datenbank sichtbar zu machen, kann man den Menüpunkt "Search, Retrieve All" wählen und dann im "Browse"-Modus in der Datenbank blättern (unter Verwendung der Cursor-Pfeiltasten oder der Pfeil-Icons).

Beispiel: Arbeiten mit der "Submissions"-Datenbank

ISIS/Base starten: isis_base &

Menü File, Open Database ... (oder Ctrl-O), Filter

/software/mdl/isis12/base/sample/submiss/*.db, Filter,
Files: submiss.db, OK.

Gesamte Datenbank ansehen: Das Programm befindet sich zunächst im "Query"-Modus. Man wählt nun den Menüpunkt "Search, Retrieve All", wodurch man automatisch in den "Browse"-Modus wechselt. Der Zähler in der Mitte oben gibt an, daß der erste von zwölf Datensätzen angezeigt wird.

Zum Weiterblättern benutzt man die Cursor-Pfeiltasten, oder man klickt ein Pfeil-Icon mit der Maus an. Man kann auch das Nummern-Icon (#) anklicken und eine bestimmte Datensatz-Nummer auswählen.

Übung: Suche nach einem Bereich. Es sollen alle Verbindungen angezeigt werden, von denen 100 bis 200 mg eingeschickt wurden.

Man wähle in der Menüleiste den "Query"-Modus aus. Sicherheitshalber betätigt man den Menüpunkt "List, Clear Domain" sowie, falls erforderlich, "Edit, _Clear Data, Form" (oder Ctrl-R). Man führt jetzt einen Doppelklick auf das Feld "Amount Submitted" aus und tippt dort ein:

between 100 200

(Hinweis: zwischen den beiden Zahlen sollte ein einziges Leerzeichen stehen.) Nun wählt man den Menüpunkt "Search, By Form" (oder Ctrl-E), woraufhin das Programm automatisch in den "Browse"-Modus wechselt. Im Beispiel erhält man acht Treffer, die man wie üblich durchblättern kann.

Speicherung der Liste: Menüpunkt "List, Save"; in das Kästchen "List Name" trägt man einen Namen ein, z.B. alist.

Übung: Substruktursuche. Vorbereitung wie oben: Man wähle in der Menüleiste den "Query"-Modus aus. Sicherheitshalber betätigt man den Menüpunkt "List, Clear Domain" sowie, falls erforderlich, "Edit, _Clear Data, Form" (oder Ctrl-R).

Man klicke das "Structure"-Feld an (Einfachklick!), um es anzuwählen. (Hinweis: bei einem Doppelklick auf das "Structure"-Feld erscheint die Applikation ISIS/Draw, mit deren Hilfe man eine Abfrage-Struktur generieren könnte.) Man wählt nun den Menüpunkt "File, Import, MolFile ..." und selektiert "query.mol" durch einen Doppelklick. Dann wählt man den Menüpunkt "Search, By Form" (oder Ctrl-E), woraufhin drei Treffer angezeigt werden. (Alternativ hätte "Search, SSS" für Substruktursuche hier zum gleichen Ergebnis geführt.)

Speicherung der Liste: Menüpunkt "List, Save"; in das Kästchen "List Name" trägt man einen Namen ein, z.B. ureas.

Übung: Anzeige und Sortierung einer Tabelle ausgewählter Verbindungen. Man wähle in der Menüleiste den "Browse"-Modus aus, dann den Menüpunkt "List, Restore ...". Mit einem Doppelklick auf "ureas" holt man die oben abgespeicherte Liste herein. Nun wähle man den Menüpunkt "Database, Change Form ..." und sodann "Table" mittels Doppelklick.

Die Liste kann nach jedem beliebigen Datenfeld in auf- oder absteigender Reihenfolge sortiert werden. Hierzu wählt man den Menüpunkt "List, Sort ..." und z.B. das Feld "Date_Submitted" mittels Doppelklick. Anschließend ändert man die Reihenfolge der Sortierung auf absteigend, indem man erst "+ Date_Submitted", dann das Kästchen "+/-" anklickt, schließlich "Current" und "OK".

Übung: Hinzufügen neuer Daten. Diese Übung funktioniert nicht mit der schreibgeschützten Originaldatenbank. Man fertigt sich eine Kopie der Datenbank an, z.B. über "File, Export, Local Database ...", <ROOT>, Add, OK und Angabe eines Namens für die Zieldatei, z.B. /tmp/submiss.db.

Man wähle in der Menüleiste den "Update"-Modus aus, dann den Menüpunkt "Database, Change Form ..." und sodann "Submissions" mittels Doppelklick. Dann setzt man die Liste über "List, Clear Domain" zurück.

Nun wählt man "Edit, New Record" (oder Ctrl-K), klickt das Structure-Kästchen einmal an und holt über "File, Import, Molfile ..." aus dem Originalverzeichnis die Datei "update.mol", woraufhin die betreffende Struktur im Formular erscheint. Nun füllt man die Datenfelder aus, nachdem man sie jeweils durch einen Doppelklick aktiviert hat. (Investigator: K. Dixon, Dept.: Chemical Discovery, Phone extension: 4649, VAX ID: DIXON_K, Notebook Ref.: KJD-592-033, Corp. ID No.: 3745, Amount Submitted [mg]: 150, Date: 12/30/90, Compound Name: Prochloroperazine, Melting Pt.: 206 - 207, Comments: One of a series of compounds synthesized, MS: no, IR: no, NMR: yes.) Zur Beendigung und Speicherung wähle man nun "Database, End Update", wobei die Felder "Formula" und "Mol. Wt" automatisch ausgefüllt werden.

Um jetzt nach dem neuen Eintrag zu suchen, kann man z.B. wie folgt vorgehen. Man wählt den "Query"-Modus, dann "Edit, _Clear Data, Form" (oder Ctrl-R) und "List, Clear Domain". Nach einem Doppelklick in das "Notebook Ref"-Kästchen tippt man dort ein: like %kjd-592% (ohne die RETURN-Taste zu drücken!). Der Operator like erlaubt eine "substring"-Suche, wobei das %-Zeichen als Platzhalter ("wildcard") dient. Jetzt wählt man "Search, By Form", um die Suchanfrage abzuschicken.

Übung: Erstellung eines neuen Formulars zur tabellarischen Anzeige. Man hole sich zunächst den Inhalt der Datenbank oder einen Teil in die Anzeige (siehe oben, z.B. "Anzeige ... ausgewählter Verbindungen"). Sodann wechselt man vom "Browse"-Modus in den "Layout"-Modus. Nun wählt man den Menüpunkt "File, New Form" (oder Ctrl-N). In der linken Menüleiste klickt man das Quadrat an und zieht dann mit gedrückt gehaltener linker Maustaste ein Rechteck auf, das ein wenig kleiner ist als die Zeichenfläche. Nach dem Loslassen erscheint das Rechteck markiert, was man an den acht kleinen schwarzen Quadraten erkennt.

Nun wählt man den Menüpunkt "Object, Table ...", woraufhin eine Dialogbox erscheint. Aus der Box "Database Fields" wählt man durch Doppelklick die drei Felder structure, amount_submitted, date_submitted aus und schließt die Box durch Anklicken von "OK". Man erhält zunächst drei gleichbreite Spalten. Die Spaltenbreite läßt sich ändern, indem man in der linken Menüleiste den Auswahlpfeil anklickt, eine Trennlinie anfährt und diese mit gedrückter linker Maustaste verschiebt. Nach Umschalten in den "Browse"-Modus kann man die Einträge im neuen Tabellenformat betrachten.

Operatoren für Datenbankabfragen

ISIS/Base unterstützt bei Datenbankabfragen (Query) die folgenden Operatoren:

Operator   Beschreibung

<          kleiner als (z.B. < 10)
<=         kleiner als oder gleich
>          größer als
>=         größer als oder gleich
<>         ungleich
=          gleich
like       Zeichenkette (Text Substring, z.B. like %antiviral%)
between    numerischer Bereich (z.B. between 70 90)
exists     findet alle numerischen oder Textdaten für ein Feld

Wenn in einem Formular mehrere Felder ausgefüllt sind, erfolgt eine logische UND-Verknüpfung der Suchkriterien. Bei Zeichenketten dient das Prozentzeichen (%) zur Trunkierung. Kompliziertere Fragestellungen lassen sich über den Query Builder mit den logischen Operatoren AND, OR, NOT() bilden.

Bugs

Suche nach einem Datum (date) funktioniert in der IRIX-Version nicht.

Der Suchpfad für "Help" muß nach jedem Neustart des Programms neu eingegeben werden.

Bei chemischen Reaktionen wird die Suche nach Transformationen nicht unterstützt, d.h., eine evtl. Markierung des Reaktionszentrums wird ignoriert. (Das gilt für lokale Datenbanken.)


Burkhard Kirste, 1995-09-05, 1997-04-18