chemx

Achtung: Die hier gegebenen Hinweise beziehen sich auf eine ältere Version und sind daher z.T. nicht mehr gültig!

Programmname:
chemx Chem-X
Kurzbeschreibung:
Molecular Modelling, Kraftfeld, Quantenchemie (MOPAC)
Version:
Voraussetzungen:
GL, Lizenz
source ~chemx/chemx.csh (csh, tcsh)
. /software/chemx/chemx.sh (sh, ksh)
Aufruf:
chemx
Information:
Manual, Online, Zusammenstellung der Chem-X Menüs
Beispiele, Bibliothek:
/software/chemx/demos
Demo, Tutorial:
Help WorkedExamples ...
Lokation:
/software/chemx bzw. ~chemx
Ansprechpartner:
Thomas Richter [richter]
Bemerkungen:
MOPAC 6.00 ist integriert.
Leistungsfähiges Programm mit einigen "Macken" und Instabilitäten
Zusatzinformationen:

Chem-X: Einige Hinweise zum Einstieg

- BKi

Start (aus csh bzw. tcsh, an einer Workstation-Konsole!):

  source ~chemx/chemx.csh
  chemx &

Beendigung des Programms:
System ExitChem-X

Selbstablaufende Demos:
Help WorkedExamples
- DisplayStyles | ManipulatingStruc's | GeometryCalc's | CrystalPacking | Maps | Surfaces

Unterstützte Molekülkoordinaten-Formate
(ReadStructure):
CSSR (.cssr), PDB (.pdb), Smiles, DBS Database, Cambridge CSD, MACCS (.mol, MDL-Format, wie ChemBase)
(WriteData):
CSSR (.cssr), PDB (.pdb), MACCS (.mol), Chemlab-I (.chm), Tribble (.con)

Einlesen von Molekülkoordinaten (aus aktuellem Arbeitsverzeichnis):
(z.B.) Action ReadStructure (Dateiformat wählen) ReplaceStructure

Schreiben von Molekülkoordinaten:
Main WriteData (Dateiformat wählen) WriteCartesian

Wahl der Display-Modi:
(a) Main Display PictureStyle
- Highlighting | Shading | DepthCueing | NoLighting
(b) Action Display
- Stick | Ball-and-Stick | CPK-Solid

interaktives Bewegen des Moleküls (in allen Display-Modi möglich):
mittlere Maustaste gedrückt: rotieren um xy (mit Shift-Taste um z)
rechte Maustaste gedrückt: verschieben in xy-Richtung
oder: Maus mit gedrückter linker Maustaste auf Schiebern (unten) bewegen

interaktive Konstruktion bzw. Modifikation von Molekülen:
Main Modify/Build
(Konstruktion im 2D-Teil)

Kraftfeld-Rechnungen:
Action OptimiseGeometry OptimiseMMEnergy
(alternativ: van-der-Waals-Optimierung)

MOPAC-Rechnungen:
(im Batch-Betrieb, Meldung per E-Mail von cron)
Main QuantumMechanics Mopac
(alternativ Ampac)
OptimisationOptions EnableOptimisation

MOPAC-Dateien:
.qin calculation control file (input)
.qlp listing file
.arc_mopac archive (summary) file
.qmr ChemQM results file containing MOPAC charges
.cssr CSSR file containing MOPAC charges

Messen:
(a) Action ListSegmentInformation (für einzelne Strukturelemente)
(b) Main Geometry ListGeometry (liefert Tabelle)
(+) Anzeige und Änderung der Chiralität möglich

Konformationsanalysen

Beispiel-Daten (in ~chemx/demos):
atropin.cssr, pilocarp.cssr

Bildschirm-Hardcopy:
Hilfsprogramm "snapshot" liefert eine RGB-Datei. Konvertierung nach TIFF mittels "imgcopy" oder "sgi2tiff"; letztere können mittels "xv" weiter umgewandelt werden (u.a. GIF, PS)


Burkhard Kirste, 1994/02/24